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一、改良土壤和提高肥力的作用
含腐植酸有機肥可促進土壤結構形成，改善孔隙狀況；提高土壤的陽離子吸收性能，增加土壤的保肥供肥能力；增強土壤緩沖系統，改良酸性土；促進土壤有益微生物的活動。其具體的是：
1、有利于土壤中水、肥、氣、熱狀況的調節。當土壤的團粒結構變好時其容重降低、空隙度增大具備了良好的通透性。又因腐植酸類肥料顏色深有利于對太陽熱能的吸收。當腐植酸類肥料受到微生物的作用分解時放出熱量尤其是早春季節作物幼苗剛出土時能使地溫提高而起到抗春寒作用。
2、促進土壤團粒的形成。腐植酸銨能夠促進土壤團粒結構形成，向土壤中施用有機肥也可改善土壤結構，這主要是通過土壤微生物緩慢地轉化，如果經常施用腐植酸類肥料就會加速這種轉化過程。
3、促進土壤微生物的活性。在土壤中施用腐植酸類肥料過后，對土壤中微生物的活動有加劇作用，尤其是土壤自生固氮菌顯著增多，使硝酸鹽的含量明顯增大，豐富了土壤的氮素營養改良了作物根系的營養條件。
4、改造貧瘠土壤及鹽堿地。長期堅持施用腐植酸肥料會從根本上把貧瘠的土壤改造為良田。在南方利用腐植酸類肥料改良“酸、瘠、板、干”的紅壤，也取得了突出的效果。由于腐植酸的酸性可與鹽堿土的堿性中和，所以腐植酸可調節土壤的酸堿度(pH)達到治理鹽堿的效果。
5、腐植酸可與一些難溶鹽形態存在的微量元素如鐵（Fe）、鋁（Al）、銅(Cu)、錳（Mn）、鋅（Zn）等形成絡合物，溶于水被作物吸收。這些微量元素的商品化學螯合微肥價格很貴一般農民不愿購買而腐植酸可以作為源廣價廉的天然螯合劑與微量元素螯合使其易被作物吸收。
6、減少土壤對可溶性磷的固定提高磷肥利用率，促使土壤微量元素的活化，通常土壤中磷酸鈣【Ca3（PO4）2】很難溶于水，而加入腐殖酸發生反應后所形成的磷酸氫鹽和磷酸二氫鹽都溶于水能被農作物吸收。
二、增加作物營養和對化肥的增效作用
含腐植酸有機肥可增加化肥肥效，可消除施用氮肥過多或施用方法不當而產生的不良影響，使無機氮肥的肥效由“暴、猛、短”變為“緩、穩、長”；腐肥本身也含有一定數量的速效氮、磷和遲效性氮、磷，可以起到改善作物營養的作用。
三、對作物生長發育的刺激作用
含腐植酸有機肥能使種子提早發芽，提高其出苗率；促進生根和提高根系的吸收能力；增強繁殖器官的發育。
